Es ist egal, wo und wie Du den Wasserwechsel machst. Die Hauptsache ist, dass Du ihn machst.
Wenn Du die automastiche Nachfüllung deaktivierst und wartest, bis der Wasserstand etwas tiefer ist und dann nachfüllst, dann bekommst Du automatisch einen Teilwasserwechsel. Bei Deiner Situiation...